[SOLUCIÓN] Bug de archivos invisibles en OSX
He encontrado una forma muy sencilla de solucionar el problema que relataba en el post: Bug de archivos invisibles en OSX
En Mac OSX se usa el Finder como explorador de archivos. Además es el encargado de gestionar todo lo relativo a la visualización del escritorio y demás carpetas. Por defecto, el Finder nos oculta un gran número de carpetas y archivos, como por ejemplo el árbol de directorios completo, que incluye carpetas típicas de entornos Unix como /usr o /lib.
He comprobado que si le decimos al Finder que muestre TODOS los archivos, incluyendo los del sistema y demás, no sucede el problema de los archivos invisibles. Cabe recordar que un archivo normal y corriente SIEMPRE debería de ser mostrado por el Finder (salvo en caso de querer ocultarlo a propósito, nada más lejos del tema que estamos tratando).
Ejecutando este comando desde un Terminal conseguiremos el efecto deseado:
defaults write com.apple.Finder AppleShowAllFiles true
Tras esto tendremos que reiniciar el Finder. Para ello o bien reiniciaremos la sesión del usuario, o bien pulsaremos Alt + Manzanita + Escape, seleccionamos Finder y pulsamos sobre Forzar Reinicio.
Tras unos segundos el Finder recargará y ya podremos visualizar aquellos archivos que por razones desconocidas no eran visualizables.

defaults write com.apple.Finder AppleShowAllFiles false